대한불교조계종 제13교구 본사인 쌍계사(雙磎寺)의 말사이다.

남해군 제1의 사찰로서 신라시대의 원효대사(元曉大師)가

금산(錦山)에 창건한 보광사(普光寺)의 후신이라고 전하는데,

이 절에는 처음에 첨성각(瞻星閣)만이 있었다고 한다.

1660년(현종 1)에 남해현의 남해향교와 용문사 입구가 마주하고 있다 하여

유생들이 절을 다른 곳으로 옮길 것을 요구하였고, 이에 백월(白月)이 남쪽에 있는

용소마을 위에 터를 잡고 용문사라 하였다.

1661년(현종 2)에 신운(信雲)이 탐진당(探眞堂)을 세웠고,

상운(尙雲)이 적묵당(寂默堂)을 세웠다.

1666년 대웅전을 지었으며 봉서루(鳳棲樓)를 창건하였다.

그 뒤에도 명부전·나한전·향적전·천왕각 등을 지었다.

그리고 1708년(숙종 34)에는 염불암을 중창하였다.

임진왜란 때에는 모든 승려들이 의승군(義僧軍)이 되어 왜병과 싸웠고,

숙종 때에는 이 절을 수국사(守國寺)로 지정하고 왕실의 축원당(祝願堂)을 건립하고

위패를 비롯해서 촉대·번 등을 하사하였다.

지금의 용문사는 호은당이 1896년부터 천왕문, 시왕전, 미륵전, 대지전, 영산전, 소지전 등을 복원 중수하였다.